Au 16ème siècle, le christianisme se scinde en deux suite aux thèses du moine augustin Martin Luther. Depuis, on a la branche protestante et la branche catholique romaine (la branche orthodoxe s’étant déjà différenciée du catholicisme romaine au 11ème siècle).
Entre 1529 et 1580, toutes les grandes traditions confessionnelles (catholique romaine, luthérienne, réformée, anglicane, baptiste) se sont formées et définies.
Les textes de Luther (1529) et de Melanchthon (1530) et La Formule de Concorde (1580) définissent le luthéranisme.
La Réforme suit les textes de Zwingli(1530) et Calvin (1542) et la Confession de La Rochelle (1571).
L’anglicanisme est adopté en 1562.
Le catholicisme est défini par le Concile de Trente (1545-63).
En France du 16ème au 18ème siècle, alors pendant les guerres de religion (1562-98), les protestants calvinistes sont appelés par les catholiques les « Huguenots ». Huguenot est une déformation de « Eidgenossen », les confédérés. C’est le nom des Genevois, partisans de la Confédération contre le duc de Savoie.
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